MirGeneDB ID | Mmr-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmr-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Neu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007676.1: 56049701-56049762 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P1d
CM007676.1: 56049701-56049762 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2d CM007676.1: 56050021-56050081 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCAACCCAGCCCAGUCCUGCUCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGCACUGUGGCCACGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGCGAGGGUGGGGGAGGCACCGCUGAGGCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCAACCCAGCCCAGU--| UG C CCC G C UACGGCACU CC CUC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG GGG GCG UUGU GUGU ACACCAAAC U UUCGGAGUCGCCACGGAGG^ GU A AGA G C CUGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmr-Mir-15-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0049173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Mmr-Mir-15-P1d_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
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