MirGeneDB ID | Mmr-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmr-mir-195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmr-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1d Mmr-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Ami-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cfa-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2d Cpo-Mir-15-P2d Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Eca-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Gja-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Laf-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmu-Mir-15-P2d Neu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Pab-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007676.1: 56050021-56050081 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2d) |
Mir-15-P1d
CM007676.1: 56049701-56049762 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2d CM007676.1: 56050021-56050081 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUUGCCCACACCCAGCUUCCCUGGCUCUAGCAGCACAGAAAUAUUGGCACUGGGAAGCCAAUCUGCCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCCAGGCAGGGUGGCGAGAGCUACUCAGGGCUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUUGCCCACACCCA-- U G CU A-| CUGGGA GCU CCCUG CU AGCAGCACAG AAUAUUGGCA A CGG GGGAC GA UCGUCGUGUC UUAUAACCGU G AGUCGGGACUCAUCGAGAG U G CC GG^ CUAACC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmr-Mir-15-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0049233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAGAAAUAUUGGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmr-Mir-15-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCCA -61
Get sequence
|