MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Ami-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cfa-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Gja-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_61: 9617085-9617145 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2d) |
Mir-15-P1d
scaffold_61: 9616778-9616839 [+]
UCSC
Mir-15-P2d scaffold_61: 9617085-9617145 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUUGCCCACACCCAGCUCCCCUGGCUUUAGCAGCACAGAAAUAUUGGCACUGGGAAGCAAGUCUGCCAAUAUUGGUUGUGCUGCUCCAGGCAGGGUGGUGAGAGCCACCCAGGAGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUUGCCCACACCCA-- UC G UU A-| CUGGGA GC CCCUG CU AGCAGCACAG AAUAUUGGCA A UG GGGAC GA UCGUCGUGUU UUAUAACCGU G GGGGAGGACCCACCGAGAG GU G CC GG^ CUGAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-15-P2d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAGAAAUAUUGGCA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-15-P2d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCAAUAUUGGUUGUGCUGCUCCA -61
Get sequence
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