MirGeneDB ID | Ami-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-15-P1a Ami-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1d Ami-Mir-15-P2a Ami-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cfa-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2d Cpo-Mir-15-P2d Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Eca-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Gja-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Laf-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmr-Mir-15-P2d Mmu-Mir-15-P2d Neu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Pab-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712037.1: 56133-56188 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCUCCCCCCCCUCCCAGCCCCUCCACUCUAGCAGCACAUAGAUAUUGGCGCUCUCAGUCCUGCCAGUGUCCUUGUGCUGCCCCAGUGAGGUCGGGCCACUGUCUACUGGGACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCUCCCCCCCCUCCCA --|UC CUA UA CUCU GCCC C CACU GCAGCACA GAUAUUGGCG C CGGG G GUGA CGUCGUGU CUGUGACCGU A ACCAGGGUCAUCUGUCAC CU^GA CCC UC CCUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-15-P2d_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUAGAUAUUGGCG -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-15-P2d_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CCAGUGUCCUUGUGCUGCCCCA -56
Get sequence
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