MirGeneDB ID | Ami-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-15c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-15-P1a Ami-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1d Ami-Mir-15-P2a Ami-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mdo-Mir-15-P1c-v2 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v3 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711293.1: 2725269-2725326 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-15-P2c
NW_017711293.1: 2724727-2724792 [-]
UCSC
Mir-15-P1c NW_017711293.1: 2725269-2725326 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCAACAUUCAUUGGGCUUUGAGGAGAUGUAGCAGCACAUCAUGGUUUGUAGGGACAAGGAGAUACAGACCAUUCUGGGCUGCCUCAUUACCUCAAGGAUAAGACAAGAAAUUGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUCAACAUUCAUUGGG--| A UA A UC GGGAC CUUUGAGG GAUG GCAGC CA AUGGUUUGUA A GGAACUCC UUAC CGUCG GU UACCAGACAU A CGAGUUAAAGAACAGAAUA^ A UC G CU AGAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-15-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGGUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-15-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAGACCAUUCUGGGCUGCCUCA -58
Get sequence
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