MirGeneDB ID | Aca-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-15-P1b Aca-Mir-15-P2b Aca-Mir-15-P2c Aca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mdo-Mir-15-P1c-v2 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v3 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343761.1: 167260-167318 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-15-P1c
GL343761.1: 167260-167318 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c GL343761.1: 168393-168458 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGGAUUGUCCUUUGGGCCCGGAGGUGAUGUAGCAGCACAACAUGGUUUGUAGGGACACAGAAGAUACAGACCGUUCUGGGCUGCCUCAUUACCUUUUGGGAUUAAGACACGAAAAGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAUUGUCCUUUGGG- -| UA A AC GGGACA CCC GGAGGUGAUG GCAGC CA AUGGUUUGUA \ GGG UUUCCAUUAC CGUCG GU UGCCAGACAU C GGGAAAAGCACAGAAUUA U^ UC G CU AGAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-15-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAACAUGGUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-15-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAGACCGUUCUGGGCUGCCUCA -59
Get sequence
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