MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_61: 9616778-9616839 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P1d
scaffold_61: 9616778-9616839 [+]
UCSC
Mir-15-P2d scaffold_61: 9617085-9617145 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUAGCCCACCCUAGUCCUGCUCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGCACUGUGGCCACGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGCGAGGGUGGGGGAGGCACCGCGGAGGCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUAGCCCACCCUAGU--| UG C CCC G C UACGGCACU CC CUC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG GGG GCG UUGU GUGU ACACCAAAC U CCCGGAGGCGCCACGGAGG^ GU A AGA G C CUGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a one nucleotide polymorphism in the 3p arm in the assembled sequence relative to the read data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-15-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-15-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
|