MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmr-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Neu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_61: 9616778-9616839 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P1d
scaffold_61: 9616778-9616839 [+]
UCSC
Mir-15-P2d scaffold_61: 9617085-9617145 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUAGCCCACCCUAGUCCUGCUCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGCACUGUGGCCACGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGCGAGGGUGGGGGAGGCACCGCGGAGGCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUAGCCCACCCUAGU--| UG C CCC G C UACGGCACU CC CUC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG GGG GCG UUGU GUGU ACACCAAAC U CCCGGAGGCGCCACGGAGG^ GU A AGA G C CUGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a one nucleotide polymorphism in the 3p arm in the assembled sequence relative to the read data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-15-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-15-P1d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
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