MirGeneDB ID | Cfa-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr34: 26460663-26460722 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P1b
chr34: 26460663-26460722 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2b chr34: 26460807-26460871 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCUGUGUUUUAUGAGGCCUUAAAGUACUGUAGCAGCACAUCAUGGUUUACAUACUACAGUCAAGAUGCGAAUCAUUAUUUGCUGCUCUAGAAAUUUAAGGAAAUUCAUUCAAAACUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCCUGUGUUUUAUGAGG--| GUA U C C UA UACUAC CCUUAAA CUG AGCAGCA AU AUGGUU CA A GGAAUUU GAU UCGUCGU UA UACUAA GU G UCGUCAAAACUUACUUAAA^ AAA C U U GC AGAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-15-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-15b miRDB: MIMAT0006676 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-15-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGAAUCAUUAUUUGCUGCUCUA -60
Get sequence
|