MirGeneDB ID | Tni-Mir-15-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-15-P1a2 Tni-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2a Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2a Cmi-Mir-15-P2a Cpi-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2a Dre-Mir-15-P2a2 Eca-Mir-15-P2a Ete-Mir-15-P2a Gga-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2a Gmo-Mir-15-P2a2 Hsa-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2a Lch-Mir-15-P2a Loc-Mir-15-P2a Mal-Mir-15-P2a2 Mdo-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2a Mun-Mir-15-P2a Neu-Mir-15-P2a Oan-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2a Pbv-Mir-15-P2a Rno-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2a Spt-Mir-15-P2a Sto-Mir-15-P2a Tgu-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
2: 11019481-11019546 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2a2) |
Mir-15-P1a2
2: 11019294-11019352 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a2 2: 11019481-11019546 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACCAGAUCCACGGAAAGGCCACUUUACUGUAGCAGCACGUAAAUAUUGGAGUUAAGGCUCUCUGUGAUACCUCCAGUAUUGAUCGUGCUGCUGAAGCAAAGAGGACCAUUCACACACGUUGUCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCAGAUCCACGGAAA- - A A G UA-| UUAAGGCUC GG CC CUUU CU UAGCAGCACG AAUAUUGGAG \ CC GG GAAA GA GUCGUCGUGC UUAUGACCUC U AACUGUUGCACACACUUA A A C A UAG^ CAUAGUGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-15-P2a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGAG -22
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-15-P2a2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CCAGUAUUGAUCGUGCUGCUGAA -66
Get sequence
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