MirGeneDB ID | Cpo-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3613 Cfa-Mir-3613 Cja-Mir-3613 Dno-Mir-3613 Eca-Mir-3613 Ete-Mir-3613 Hsa-Mir-3613 Laf-Mir-3613 Mdo-Mir-3613 Mml-Mir-3613 Mmr-Mir-3613 Neu-Mir-3613 Ocu-Mir-3613 Pab-Mir-3613 Sha-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_6: 59835890-59835947 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3613) |
Mir-3613
scaffold_6: 59835890-59835947 [-]
UCSC
Mir-15-P2a scaffold_6: 59875390-59875454 [-] UCSC Mir-15-P1a scaffold_6: 59875535-59875593 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGACGCGCCCGGAGAUGGCUGGGUUUGGAUUGUUGUACUUUUUUUUUUGUUCGUUGCAUUUUAAGGAACAAAAAAAAAGGCCAACCCUUCACACCAUUCAUUUGCACCUCAGGAGCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGACGCGCCCGGAGAUGGCUG--| U UU UA GUUGCA GGU UGGA GUUG CUUUUUUUUUUGUUC \ CCA ACUU CAAC GGAAAAAAAAACAAG U AGCGAGGACUCCACGUUUACUUA^ C CC C- GAAUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-3613_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUGUACUUUUUUUUUUGUUC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-3613_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACAAAAAAAAAGGCCAACCCU -58
Get sequence
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