MirGeneDB ID | Cja-Mir-376-P5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-376 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAUAGA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-376-P1 Cja-Mir-376-P2 Cja-Mir-376-P3 Cja-Mir-376-P4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-376-P5 Cfa-Mir-376-P5 Cpo-Mir-376-P5 Dno-Mir-376-P5 Eca-Mir-376-P5 Ete-Mir-376-P5 Hsa-Mir-376-P5 Laf-Mir-376-P5 Mml-Mir-376-P5 Mmr-Mir-376-P5 Mmu-Mir-376-P5 Ocu-Mir-376-P5 Pab-Mir-376-P5 Rno-Mir-376-P5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131855098-131855155 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAUGGAAGCCUUCUUUGGUAUUUAAAAGGUAGAUUCUCCUUCUAUGAGUACAUUAUUUAUGAUUAAUCAUAGAGGAAAAUCCACGUUUUCAGUAUCAAAUGCUGCUUUGAAAACCUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGAUGGAAGCCUUCUU--| U G A C U GUACAUUAU UGGUAUU AAAA GU GAUU UCCU CUAUGA \ ACUAUGA UUUU CA CUAA AGGA GAUACU U UCCAAAAGUUUCGUCGUAA^ C G C A - AAUUAGUAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-376-P5_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAGAUUCUCCUUCUAUGAGUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-376-P5_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU -58
Get sequence
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