MirGeneDB ID | Cja-Mir-383-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUCAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-383-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v2 Ami-Mir-383-v2 Bta-Mir-383-v2 Cfa-Mir-383-v2 Cli-Mir-383-v2 Cpi-Mir-383-v2 Cpo-Mir-383-v2 Dno-Mir-383-v2 Eca-Mir-383-v2 Ete-Mir-383-v2 Gga-Mir-383-v2 Gja-Mir-383-v2 Hsa-Mir-383-v2 Laf-Mir-383-v2 Mdo-Mir-383-v2 Mml-Mir-383-v2 Mmr-Mir-383-v2 Mmu-Mir-383-v2 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v2 Ocu-Mir-383-v2 Pab-Mir-383-v2 Pbv-Mir-383-v2 Rno-Mir-383-v2 Sha-Mir-383-v2 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v2 Xtr-Mir-383-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 23672868-23672931 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUUAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACUUCAGAAUCUCCACGU- C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A GUACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-383-v2_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-383-v2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACAGCACUGCCUGGUCAGAA -64
Get sequence
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