MirGeneDB ID | Sha-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sha-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sha-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v2 Ami-Mir-383-v2 Bta-Mir-383-v2 Cfa-Mir-383-v2 Cja-Mir-383-v2 Cli-Mir-383-v2 Cpi-Mir-383-v2 Cpo-Mir-383-v2 Dno-Mir-383-v2 Eca-Mir-383-v2 Ete-Mir-383-v2 Gga-Mir-383-v2 Gja-Mir-383-v2 Hsa-Mir-383-v2 Laf-Mir-383-v2 Mdo-Mir-383-v2 Mml-Mir-383-v2 Mmr-Mir-383-v2 Mmu-Mir-383-v2 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v2 Ocu-Mir-383-v2 Pab-Mir-383-v2 Pbv-Mir-383-v2 Rno-Mir-383-v2 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v2 Xtr-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL864737.1: 2362166-2362228 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v2
GL864737.1: 2362166-2362228 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 GL864737.1: 2362167-2362228 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAGCAGAAGCUCCAAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGCAGACAUGGAACAGCCACAUCACUGGCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUGGGCCUCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAGCAGAAGCUCCAAAGU C C-| A AA U UUGGGCAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUGAU GUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCACUA CACCGA A CACUCCGGGUUCCGAUCCU A AA^ A GG - CAAGGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are not enough 3p reads to reliably assess whether this is a Group 2 miRNA, but this version is a Group 2 in other taxa where it can be assessed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sha-Mir-383-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Sha-Mir-383-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACAUCACUGGCUGGUCAGA -63
Get sequence
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