MirGeneDB ID | Cpo-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v2 Ami-Mir-383-v2 Bta-Mir-383-v2 Cfa-Mir-383-v2 Cja-Mir-383-v2 Cli-Mir-383-v2 Cpi-Mir-383-v2 Dno-Mir-383-v2 Eca-Mir-383-v2 Ete-Mir-383-v2 Gga-Mir-383-v2 Gja-Mir-383-v2 Hsa-Mir-383-v2 Laf-Mir-383-v2 Mdo-Mir-383-v2 Mml-Mir-383-v2 Mmr-Mir-383-v2 Mmu-Mir-383-v2 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v2 Ocu-Mir-383-v2 Pab-Mir-383-v2 Pbv-Mir-383-v2 Rno-Mir-383-v2 Sha-Mir-383-v2 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v2 Xtr-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_36: 1425337-1425399 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v1
scaffold_36: 1425337-1425398 [-]
UCSC
Mir-383-v2 scaffold_36: 1425337-1425399 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACUCCAGAAUCACCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUAGAUAUUAAUCAGCCACAACACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACUCCAGAAUCACCACGU C C-| A AA A UUGGGUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC AACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-383-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-383-v2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACAACACUGCCUGGUCAGA -63
Get sequence
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