MirGeneDB ID | Cli-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v2 Ami-Mir-383-v2 Bta-Mir-383-v2 Cfa-Mir-383-v2 Cja-Mir-383-v2 Cpi-Mir-383-v2 Cpo-Mir-383-v2 Dno-Mir-383-v2 Eca-Mir-383-v2 Ete-Mir-383-v2 Gga-Mir-383-v2 Gja-Mir-383-v2 Hsa-Mir-383-v2 Laf-Mir-383-v2 Mdo-Mir-383-v2 Mml-Mir-383-v2 Mmr-Mir-383-v2 Mmu-Mir-383-v2 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v2 Ocu-Mir-383-v2 Pab-Mir-383-v2 Pbv-Mir-383-v2 Rno-Mir-383-v2 Sha-Mir-383-v2 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v2 Xtr-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold38: 1608643-1608705 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v2
scaffold38: 1608643-1608705 [+]
Mir-383-v1 scaffold38: 1608644-1608705 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAAGAGAAUCACCAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGAAUAGCUAUUAAGCAGCCACAGCACUACCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUACUAGCCUUUUACUUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAAGAGAAUCACCAAGU C C-| A AA A UUGAAUAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA C UUCUUCAUUUUCCGAUCAU A AA^ A CA - CGAAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-383-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-383-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038631 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACAGCACUACCUGGUCAGA -63
Get sequence
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