MirGeneDB ID | Bta-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-383-v2 Ami-Mir-383-v2 Cfa-Mir-383-v2 Cja-Mir-383-v2 Cli-Mir-383-v2 Cpi-Mir-383-v2 Cpo-Mir-383-v2 Dno-Mir-383-v2 Eca-Mir-383-v2 Ete-Mir-383-v2 Gga-Mir-383-v2 Gja-Mir-383-v2 Hsa-Mir-383-v2 Laf-Mir-383-v2 Mdo-Mir-383-v2 Mml-Mir-383-v2 Mmr-Mir-383-v2 Mmu-Mir-383-v2 Mun-Mir-383 Oan-Mir-383-v2 Ocu-Mir-383-v2 Pab-Mir-383-v2 Pbv-Mir-383-v2 Rno-Mir-383-v2 Sha-Mir-383-v2 Spt-Mir-383 Tgu-Mir-383-v2 Xtr-Mir-383-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037354.1: 22249023-22249085 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v2
NC_037354.1: 22249023-22249085 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 NC_037354.1: 22249024-22249085 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACUUCAGAAUCUCCACGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGUGGAUAUCAAUCAGCCACAGCACUGCCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUUUACCUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CACUUCAGAAUCUCCACGU C C-| A AA A UUGGGUGG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUG UUGUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCAC GACACCGA A UACUCCAUUUUCCGAUCCU A AA^ A CG - CUAACUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-383-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-383 |
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Star sequence | Bta-Mir-383-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCACAGCACUGCCUGGUCAGA -63
Get sequence
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