MirGeneDB ID | Cpo-Mir-452-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-452-v2 Cfa-Mir-452-v2 Cja-Mir-452-v2 Ete-Mir-452-v2 Hsa-Mir-452-v2 Laf-Mir-452 Mml-Mir-452-v2 Mmr-Mir-452-v2 Mmu-Mir-452-v2 Ocu-Mir-452-v2 Pab-Mir-452-v2 Rno-Mir-452-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_197: 1057811-1057867 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v2) |
Mir-224
scaffold_197: 1056776-1056844 [-]
UCSC
Mir-452-v1 scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC Mir-452-v2 scaffold_197: 1057811-1057867 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGAUCUUGUAAAUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGCAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGAUCUUGUAAAUGCU----| AA GU G A UUUGC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGAC \ UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCUG A UAGGAGAGUUCCCCGAACCGU^ AA -- A C UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-452-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-452-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAG -57
Get sequence
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