MirGeneDB ID | Cpo-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-452-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-452-v1 Cfa-Mir-452-v1 Cja-Mir-452-v1 Ete-Mir-452-v1 Hsa-Mir-452-v1 Laf-Mir-452 Mml-Mir-452-v1 Mmr-Mir-452-v1 Mmu-Mir-452-v1 Ocu-Mir-452-v1 Pab-Mir-452-v1 Rno-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v1) |
Mir-224
scaffold_197: 1056776-1056844 [-]
UCSC
Mir-452-v1 scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC Mir-452-v2 scaffold_197: 1057811-1057867 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCUGAUCUUGUAAAUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGCAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGGAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUGAUCUUGUAAAU--| U AA GU G A CUUUGC GC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGA \ CG UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCU A AUAGGAGAGUUCCCCGAAC^ U AA -- A C GUAUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-452-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-452-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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