MirGeneDB ID | Cpo-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-653 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-653 Cfa-Mir-653 Cja-Mir-653 Dno-Mir-653 Eca-Mir-653 Hsa-Mir-653 Mml-Mir-653 Mmr-Mir-653 Mmu-Mir-653 Ocu-Mir-653 Pab-Mir-653 Rno-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_11: 25053804-25053862 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACAGAGGUUCCUAUUUCCUUCCUUCAGUGUUGAAACACUCUCUACUGAACCAGGCUCCACACCAAGUUCACUGGAGUUUGUUUCAGUAUUGCAAGAAUGAUAAGAUUGAAGCUACUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACAGAGGUUCCUAUUUCCUUC- -| CU C CAGGCUC CUU CAGUGUUGAAACA CUCUA UGAAC \ GAA GUUAUGACUUUGU GAGGU ACUUG C CGUCAUCGAAGUUAGAAUAGUAA C^ UU C AACCACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-653_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAAACACUCUCUACUGAACC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-653_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCACUGGAGUUUGUUUCAGUA -59
Get sequence
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