MirGeneDB ID | Mmu-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-653 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-653 Cfa-Mir-653 Cja-Mir-653 Cpo-Mir-653 Dno-Mir-653 Eca-Mir-653 Hsa-Mir-653 Mml-Mir-653 Mmr-Mir-653 Ocu-Mir-653 Pab-Mir-653 Rno-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr6: 3721314-3721372 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-653) |
Mir-653
chr6: 3721314-3721372 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 chr6: 3721922-3721981 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAGGUUCUGAGAUUUCAUUCUUUCAGUGUUGAAACAAUCUCUACUGAACCAAGCUCCAAAGCGAGUUCACUGGAGUUUGUUUCAGUAUUGCAGGAGUGCUAAGUGUGAAGCUGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGAGGUUCUGAGAUUU--| U U C CAAGCUC CAUUCUU CAGUGUUGAAACAA CUCUA UGAAC \ GUGAGGA GUUAUGACUUUGUU GAGGU ACUUG C CCCCGUCGAAGUGUGAAUC^ C U C AGCGAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-653_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAAACAAUCUCUACUGAACC -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004943 miRDB: MIMAT0004943 |
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Star sequence | Mmu-Mir-653_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCACUGGAGUUUGUUUCAGUA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-653-3p miRDB: MIMAT0017284 |