MirGeneDB ID | Cfa-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-653 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-653 Cja-Mir-653 Cpo-Mir-653 Dno-Mir-653 Eca-Mir-653 Hsa-Mir-653 Mml-Mir-653 Mmr-Mir-653 Mmu-Mir-653 Ocu-Mir-653 Pab-Mir-653 Rno-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr14: 18979485-18979543 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-653) |
Mir-653
chr14: 18979485-18979543 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 chr14: 18980191-18980250 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGAAGUUCUAAUUUCUCAUUCCUUCAGUGUUGAAACAAUCUCUAUUGAACCAGGCUCCAAACCAAGUUCACUGGAGUUUGUUUCAAUAUUGCAAGAAUGAUAAGAUUGAUCCUACUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGAAGUUCUAAUUUCU--| CUU U U CAGGCUC CAUUC CAGUGUUGAAACAA CUCUA UGAAC \ GUAAG GUUAUAACUUUGUU GAGGU ACUUG C UAUCAUCCUAGUUAGAAUA^ AAC U C AACCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-653_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAAACAAUCUCUAUUGAACC -22
Get sequence
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Proposed targets |
miRDB: MIMAT0009924 |
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Star sequence | Cfa-Mir-653_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCACUGGAGUUUGUUUCAAUA -59
Get sequence
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