MirGeneDB ID | Eca-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-653 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-653 Cfa-Mir-653 Cja-Mir-653 Cpo-Mir-653 Dno-Mir-653 Hsa-Mir-653 Mml-Mir-653 Mmr-Mir-653 Mmu-Mir-653 Ocu-Mir-653 Pab-Mir-653 Rno-Mir-653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009151.1: 37174812-37174870 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-653) |
Mir-653
CM009151.1: 37174812-37174870 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 CM009151.1: 37175527-37175587 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAAGGUUCUAAUUCCUCAUUCCUUCAGUGUUGAAACAAUCUCUGCUGAACCAGGCUCCAAACUACGUUCACUGGAGUUUGUUUCAAUAUUGCAAGAAUGAUAAAAUUGAUGCUACUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAAGGUUCUAAUUCCU--| CUU U GC CAGGCUC CAUUC CAGUGUUGAAACAA CUCU UGAAC \ GUAAG GUUAUAACUUUGUU GAGG ACUUG C UGUCAUCGUAGUUAAAAUA^ AAC U UC CAUCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-653_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAAACAAUCUCUGCUGAACC -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-653_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUCACUGGAGUUUGUUUCAAUA -59
Get sequence
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