| MirGeneDB ID | Eca-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v3 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Dre-Mir-489-v2 Gga-Mir-489-v1 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v2 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Loc-Mir-489-v2 Mal-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v2 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v2 Xla-Mir-489-P1-v1 Xla-Mir-489-P1-v2 Xla-Mir-489-P2-v1 Xla-Mir-489-P2-v2 Xtr-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009151.1: 37175527-37175587 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489) |
Mir-653
CM009151.1: 37174812-37174870 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 CM009151.1: 37175527-37175587 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGGACUACAGCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUUUAUUUGACCCCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCGGCUAAACUGCUACAUAAGACAACAAUUAAGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGGACUACAGCUGUUG--| C G CGC AUUUGAC GUGGCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGG CAUUU \ CAUCGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGAG C GCGAAUUAACAACAGAAUA^ A G ACA GAUUUCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eca-Mir-489_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUGUGGCGCCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Eca-Mir-489_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGACAUCACAUAUACGGCGGC -61
Get sequence
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