| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v3 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Dre-Mir-489-v2 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v2 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Loc-Mir-489-v2 Mal-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v2 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v2 Xla-Mir-489-P1-v1 Xla-Mir-489-P1-v2 Xla-Mir-489-P2-v1 Xla-Mir-489-P2-v2 Xtr-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr10: 35345574-35345633 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489) |
Mir-489
chr10: 35345574-35345633 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-653 chr10: 35346249-35346307 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUUGACUACCUGUUGGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGGUGCCAUUCACUUGAACCUUUAGGGGUGACAUCACAUAUACGGUGGCUAAACUGCUACAAGGGACAACGAGUAAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUUGACUACCUGUUG--| C GG C ACUUGA GUGGCAG UUGGU UCGUAUGUGUGGUG CAUUC A CAUCGUC AAUCG GGCAUAUACACUAC GUGGG C GUGAAUGAGCAACAGGGAA^ A GU A GAUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-489_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUGUGGUGCCAUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-489_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCACAUAUACGGUGGC -60
Get sequence
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