| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v3 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Dre-Mir-489-v2 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v2 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Loc-Mir-489-v2 Mal-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v2 Mmr-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v2 Xla-Mir-489-P1-v1 Xla-Mir-489-P1-v2 Xla-Mir-489-P2-v1 Xla-Mir-489-P2-v2 Xtr-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr6: 3721922-3721981 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489) |
Mir-653
chr6: 3721314-3721372 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 chr6: 3721922-3721981 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUGCUAACUGCUGCAGUGGCAGCUUGGUUGUCAUAUGUGUGAUGACACUUUCUAAAGUCUUCCAGAAUGACACCACAUAUAUGGCAGCUAAACUGUUACAUGGAACAACAAGUAAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUGCUAACUGCUGCA--| C A A C CUAAA GUGGCAG UUGGUUGUCAUAUGUGUG UG CA UUU G CAUUGUC AAUCGACGGUAUAUACAC AC GU AGA U UAGAAUGAACAACAAGGUA^ A C A A CCUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Dicer cut in mouse is +1 relative to the other mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-489_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0022704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCAUAUGUGUGAUGACACUUU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-489-5p miRDB: MIMAT0022704 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-489_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUGACACCACAUAUAUGGCAGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003112 TargetScanVert: mmu-miR-489-3p miRDB: MIMAT0003112 |
