| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v3 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Dre-Mir-489-v2 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v2 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Loc-Mir-489-v2 Mal-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v2 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v2 Xla-Mir-489-P1-v1 Xla-Mir-489-P1-v2 Xla-Mir-489-P2-v1 Xla-Mir-489-P2-v2 Xtr-Mir-489-v1 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr14: 18980191-18980250 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489) |
Mir-653
chr14: 18979485-18979543 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489 chr14: 18980191-18980250 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGUACUUCAGGUAUUGGUGGCAGCUUGGUGGCCGUAUGUGUGGCGCCAUUUACUUGAACCUUUAGGAGUGACAUCACAUAUACGGCGGCUAAACUGCUACAUAGGACAACAAUUAAGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUACUUCAGGUAUUG--| C G CGC ACUUGA GUGGCAG UUGGU GCCGUAUGUGUGG CAUUU A CAUCGUC AAUCG CGGCAUAUACACU GUGAG C GAGAAUUAACAACAGGAUA^ A G ACA GAUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-489_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCCGUAUGUGUGGCGCCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-489_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCACAUAUACGGCGGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-489 miRDB: MIMAT0009860 |
