| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2692 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ofu-Mir-2692 Pdu-Mir-2692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2692) |
Mir-1990-P1
CAPTEscaffold_12: 600050-600112 [+]
Ensembl
Mir-2692 CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl Mir-1990-P2-as CAPTEscaffold_12: 606809-606873 [-] Ensembl Mir-1990-P2 CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUACUUGGUACUGCAUGCUCAUAGCAAGCGUUGGCGUCCUCGUUGACUUUAGUGAUUUCUUGAUUCACCAGUCAAUGUUGACACCACCGCCUGACUUGAGCCAAUUCAUCGCUGGCAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUACUUGGUACUGCAU--| UAG A U C CU UUAGUGAUUU GCUCA CA GCG UGG GUC CGUUGACU \ CGAGU GU CGC ACC CAG GUAACUGA C GCUACGGUCGCUACUUAAC^ UCA C C A UU CCACUUAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2692_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUUGGCGUCCUCGUUGACUUUAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2692_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCAGUCAAUGUUGACACCACCGC -61
Get sequence
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