| MirGeneDB ID | Cte-Mir-279-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-279-o35 Cte-Mir-279-o36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_19: 703521-703582 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o34) |
Mir-36
CAPTEscaffold_19: 701730-701789 [-]
Ensembl
Mir-279-o34 CAPTEscaffold_19: 703521-703582 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAUUUUGUGUCGUUUCGCUGUCGCCUUGAAUGGCUGUGGAUCAAGUCCAUGUUAAGAUUUCGAAUUGUCAUGACUAGAUCCACACUCAUCCAGGUUGGCGGCUAGCCCUUCGUUUGAAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAUUUUGUGUCGUUUC--| C A GC A C UUAAGAUU GCUGUCG CUUG AUG UGUGGAUC AGUC AUG \ CGGCGGU GGAC UAC ACACCUAG UCAG UAC U UAAAAGUUUGCUUCCCGAU^ U C UC A - UGUUAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of annelids thus these multiple paralogues are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-279-o34_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGCUGUGGAUCAAGUCCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-279-o34_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGACUAGAUCCACACUCAUCC -62
Get sequence
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