MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Cte-Mir-36

Family name MIR-36 (all species)
Seed CACCGGG
Species Polychaete worm (Capitella teleta)
MiRBase ID cte-mir-36
Paralogues
Orthologues Agr-Mir-36  Asu-Mir-36-o27  Asu-Mir-36-o28  Asu-Mir-36-o29-v1  Asu-Mir-36-o29-v2  Asu-Mir-36-o30  Asu-Mir-36-o31  Asu-Mir-36-o32  Ava-Mir-36-P26a  Ava-Mir-36-P26b  Ava-Mir-36-P27  Ava-Mir-36-P28a  Ava-Mir-36-P28b  Ava-Mir-36-P29a  Ava-Mir-36-P29b  Bge-Mir-36  Bko-Mir-36-P16a  Bko-Mir-36-P16b  Bko-Mir-36-P18a  Bko-Mir-36-P18b  Bpl-Mir-36-P16  Bpl-Mir-36-P17  Bpl-Mir-36-P18  Cbr-Mir-36-o1  Cbr-Mir-36-o2  Cbr-Mir-36-o3  Cbr-Mir-36-o4  Cbr-Mir-36-o5  Cbr-Mir-36-o6  Cbr-Mir-36-o7a  Cbr-Mir-36-o7b  Cbr-Mir-36-o7c  Cbr-Mir-36-o8a  Cbr-Mir-36-o8b  Cbr-Mir-36-o8c  Cbr-Mir-36-o9  Cbr-Mir-36-o10  Cbr-Mir-36-o11  Cbr-Mir-36-o12  Cbr-Mir-36-o13  Cbr-Mir-36-o14  Cbr-Mir-36-o15  Cbr-Mir-36-o16  Cbr-Mir-36-o17  Cbr-Mir-36-o18  Cbr-Mir-36-o19  Cbr-Mir-36-o20  Cbr-Mir-36-o21  Cbr-Mir-36-o22  Cbr-Mir-36-o23  Cbr-Mir-36-o24  Cbr-Mir-36-o25  Cbr-Mir-36-o26  Cel-Mir-36-P1  Cel-Mir-36-P2  Cel-Mir-36-P3  Cel-Mir-36-P4  Cel-Mir-36-P5  Cel-Mir-36-P6  Cel-Mir-36-P7  Cel-Mir-36-P8  Dgr-Mir-36  Dlo-Mir-36  Dma-Mir-36  Dpu-Mir-36  Eba-Mir-36  Efe-Mir-36-P9  Efe-Mir-36-P10  Egr-Mir-36-o36  Egr-Mir-36-o37  Esc-Mir-36-P14  Esc-Mir-36-P15  Gsa-Mir-36-o38  Gsa-Mir-36-o39  Gsp-Mir-36  Isc-Mir-36  Lhy-Mir-36  Llo-Mir-36  Lpo-Mir-36-P11  Lpo-Mir-36-P12  Lpo-Mir-36-P13  Mgi-Mir-36  Mom-Mir-36  Npo-Mir-36  Obi-Mir-36-P14  Obi-Mir-36-P15  Ofu-Mir-36  Ovu-Mir-36-P14  Ovu-Mir-36-P15  Pau-Mir-36  Pca-Mir-36-P23  Pca-Mir-36-P24  Pca-Mir-36-P25  Pcr-Mir-36  Pdu-Mir-36  Pve-Mir-36  Rph-Mir-36  Sma-Mir-36-o33  Sma-Mir-36-o34  Sma-Mir-36-o35  Sme-Mir-36-P19  Sme-Mir-36-P20a  Sme-Mir-36-P20b  Sne-Mir-36-P21  Sne-Mir-36-P22  Snu-Mir-36  Tca-Mir-36  Tur-Mir-36-P30  Tur-Mir-36-P31  Tur-Mir-36-P32  Tur-Mir-36-P33  Tur-Mir-36-P34  Tur-Mir-36-P35  Tur-Mir-36-P36  War-Mir-36 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(Capitella_teleta_v1.0)		 CAPTEscaffold_19: 701730-701789 [-] Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-36)		 Mir-36 CAPTEscaffold_19: 701730-701789 [-] Ensembl
Mir-279-o34 CAPTEscaffold_19: 703521-703582 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GCGGAACUUGACACACUUAUGUCUACUCCCUGUGGGUGUUAACUCGGUCAGAUGCUAAUUUAUUUCCAUCACCGGGUUAACAUUCAUCCGGGAAGGCCAUACAAAUCUACAACAGAACAU
Get precursor sequence
Structure
        10          20         30         40        50        60
GCGGAACUUGACACACU--   -|   AC    U-                 CA    CUAAU 
                   UAU GUCU  UCCC  GUGGGUGUUAACUCGGU  GAUG     U
                   AUA CGGA  AGGG  UACUUACAAUUGGGCCA  CUAC     U
UACAAGACAACAUCUAAAC   C^   --    CC                 --    CUUUA 
.       110       100          90        80          70
Deep sequencing
Go to detailed chart
CommentThere is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. Although there are no reads of the predicted 5p arm the offset as well as the 5' DcRNA reads are consistent with this predicted 5p Drosha cut.
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Ea Fe Fe La La Ma Ma To
Star sequence

Cte-Mir-36_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UGUGGGUGUUAACUCGGUCAGAUG -24
Get sequence
Mature sequence

Cte-Mir-36_3p
mirBase accessionMIMAT0013530
Sequence 
38- UCACCGGGUUAACAUUCAUCCG -60
Get sequence