MirGeneDB ID | Sma-Mir-36-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sma-mir-36a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sma-Mir-36-o33 Sma-Mir-36-o35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 Tur-Mir-36-P34 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mansoni | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601624.3: 72169272-72169343 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o34) |
Mir-36-o34
HE601624.3: 72169272-72169343 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-36-o35 HE601624.3: 72204878-72204977 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAAUAUGAAAAAAGUCUGGUAUAUCUUGUGAAGAGUGCCGACCCGGUUAGCCAUUAGAUUAUUGUUAAAGAAACGUGGCCACCGGGUAGACAUUCAUUCGCAGGAUAUUUCACCAUAAUCAACAGUAAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAAUAUGAAAAAAGUC-- U -| CCG UA AUUAGAUUAUU UGG AUAUCUUGUGAA GAGUG ACCCGGU GCC G ACU UAUAGGACGCUU CUUAC UGGGCCA CGG U UUAAAUGACAACUAAUACC U A^ AGA C- UGCAAAGAAAU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sma-Mir-36-o34_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0032137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAGAGUGCCGACCCGGUUAGCC -23
Get sequence
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Mature sequence | Sma-Mir-36-o34_3p |
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mirBase accession | MIMAT0025041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
49- CCACCGGGUAGACAUUCAUUCGC -72
Get sequence
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