| MirGeneDB ID | Sma-Mir-36-o35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sma-mir-36b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sma-Mir-36-o33 Sma-Mir-36-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 Tur-Mir-36-P35 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mansoni | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601624.3: 72204878-72204977 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o35) |
Mir-36-o34
HE601624.3: 72169272-72169343 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-36-o35 HE601624.3: 72204878-72204977 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUAUCGUUCUAAAUAAAAGCAGCAUCUGAAGGGAAUGUCUGUUCGGUUUGUGUCAUCGUGGUUACUUGUUAGGUACUACUUAAUAAUGUAACUAUUUUUCAGUACACCACCGGGUAGACAUUCAUCCGCAGAUGUCUUGCUGUAAACUUCUUUAUAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UGUAUCGUUCUAAAUAAA -- AAGG-| UU UU UCAUCGUGGUUACUUGUUAGGUACU AGCA GCAUCUG GAAUGUCUG CGGU GUG A UCGU UGUAGAC CUUACAGAU GCCA CAC C CAGAUAUUUCUUCAAAUG UC GCCUA^ GG C- AUGACUUUUUAUCAAUGUAAUAAUU . 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sma-Mir-36-o35_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0033514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGAAUGUCUGUUCGGUUUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sma-Mir-36-o35_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0033515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
77- CCACCGGGUAGACAUUCAUCCGC -100
Get sequence
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