MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Isc-Mir-36

Family name MIR-36 (all species)
Seed GGUGAAU
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Asu-Mir-36-o27  Asu-Mir-36-o28  Asu-Mir-36-o29-v1  Asu-Mir-36-o29-v2  Asu-Mir-36-o30  Asu-Mir-36-o31  Asu-Mir-36-o32  Bge-Mir-36  Bpl-Mir-36-P17  Bpl-Mir-36-P18  Bpl-Mir-36-P19  Cbr-Mir-36-o1  Cbr-Mir-36-o2  Cbr-Mir-36-o3  Cbr-Mir-36-o4  Cbr-Mir-36-o5  Cbr-Mir-36-o6  Cbr-Mir-36-o7a  Cbr-Mir-36-o7b  Cbr-Mir-36-o7c  Cbr-Mir-36-o8a  Cbr-Mir-36-o8b  Cbr-Mir-36-o8c  Cbr-Mir-36-o9  Cbr-Mir-36-o10  Cbr-Mir-36-o11  Cbr-Mir-36-o12  Cbr-Mir-36-o13  Cbr-Mir-36-o14  Cbr-Mir-36-o15  Cbr-Mir-36-o16  Cbr-Mir-36-o17  Cbr-Mir-36-o18  Cbr-Mir-36-o19  Cbr-Mir-36-o20  Cbr-Mir-36-o21  Cbr-Mir-36-o22  Cbr-Mir-36-o23  Cbr-Mir-36-o24  Cbr-Mir-36-o25  Cbr-Mir-36-o26  Cel-Mir-36-P1  Cel-Mir-36-P2  Cel-Mir-36-P3  Cel-Mir-36-P4  Cel-Mir-36-P5  Cel-Mir-36-P6  Cel-Mir-36-P7  Cel-Mir-36-P8  Cgi-Mir-36  Cte-Mir-36  Dma-Mir-36  Dpu-Mir-36  Efe-Mir-36-P9  Efe-Mir-36-P10  Esc-Mir-36-P14  Esc-Mir-36-P15  Lpo-Mir-36-P11  Lpo-Mir-36-P12  Lpo-Mir-36-P13  Npo-Mir-36  Obi-Mir-36-P14  Obi-Mir-36-P15  Ovu-Mir-36-P14  Ovu-Mir-36-P15  Sme-Mir-36-P20  Sme-Mir-36-P21  Sme-Mir-36-P22  Tca-Mir-36 
Node of Origin (locus) Protostomia
Node of Origin (family) Protostomia
Genome context
(IscaWI)
DS634011: 39150-39211 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GAACGAAUUGCUCAAUCGUGUAUCAAGCCUAGGUGAAUGAAUACCCAGUCGAUGUGUUUUAAUUUGCCAUCACCGGGUAUACAUUCAUCCGCGGCUUGUGCAUGUGGCGCCAUCUGUAGUCG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50        60 
GAACGAAUUGCUCAAUC--|    U      UA-        A      A  C    UGUUUU 
                   GUGUA CAAGCC   GGUGAAUG AUACCC GU GAUG      \
                   UACGU GUUCGG   CUACUUAC UAUGGG CA CUAC      A
GCUGAUGUCUACCGCGGUG^    -      CGC        A      C  -    CGUUUA 
120       110       100         90        80         70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU Unknown
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
 +
Al Mi Mi Mi Sa Sa Sa Sa To
Mature sequence

Isc-Mir-36_5p

mirBase accessionNone
Sequence
0- AGGUGAAUGAAUACCCAGUCGAUG -24
Get sequence
Star sequence

Isc-Mir-36_3p* (predicted)

mirBase accessionNone
Sequence
39- UCACCGGGUAUACAUUCAUCCGC -62
Get sequence