MirGeneDB ID | Sme-Mir-36-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-36b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-36-P20a Sme-Mir-36-P20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o19 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2342053-2342111 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P19) |
Let-7-P20b
NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2341596-2341651 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-36-P19 NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2342053-2342111 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAAUUUUGUUUUUUAACAGUCUAACUCUGGAUUGAUGUUAUUCGGUAUGAUCUAGAAUAAAAAUUAUCACCGGGUAGACAUUAAUCAUGCAGUUAGAGUCUGUAGUCCUCAUGUUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAAUUUUGUUUUUUAACAG- CUG- - -| UCUAGA UCUAACU GAUUGAUGUU AUUCGGU AUGA \ AGAUUGA CUAAUUACAG UGGGCCA UAUU A UAUUUGUACUCCUGAUGUCUG CGUA A C^ AAAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-36-P19_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUUGAUGUUAUUCGGUAUGA -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-36-P19_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCACCGGGUAGACAUUAAUCAU -59
Get sequence
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