MirGeneDB ID | Sme-Mir-36-P20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-36c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-36-P19 Sme-Mir-36-P20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o20 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234307-7234370 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P20a) |
Mir-36-P20a
NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234307-7234370 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-36-P20b NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234834-7234895 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGAAUUUUGAAUUUCAACAUAAAUUAGCGAUGAUUGUCCAACUGGUUUGGUGUCGAGUUGAAAAAUGCAUCACCGGGUAGACAUUCAUUCUCUAAAUUUAUCGUCAAUCUCCUUUUAUAUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAGAAUUUUGAAUUUCA - - C - U CAA U-| GUGUCGAG AC AUAAA UUAG G AUGA UGUC CUGGU UG U UG UAUUU AAUC C UACU ACAG GGCCA AC U GUUAUAUUUUCCUCUAAC C A U U U AUG CU^ GUAAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-36-P20a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGAUUGUCCAACUGGUUUG -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-36-P20a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCACCGGGUAGACAUUCAUUCUC -64
Get sequence
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