MirGeneDB ID | Asu-Mir-36-o30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-36d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asu-Mir-36-o27 Asu-Mir-36-o28 Asu-Mir-36-o29-v1 Asu-Mir-36-o29-v2 Asu-Mir-36-o31 Asu-Mir-36-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold730: 215044-215101 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o30) |
Mir-5350-P1
Scaffold730: 214863-214919 [+]
Mir-36-o30 Scaffold730: 215044-215101 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAUCCGGUAGCUGAAUGGAUCUCGCGUGGCAGGGAUUCCGCUUUUGGUGACGUGGAGAAGAAUCUUCACCGGGCAAGAAUCCCUGUCAUGUUGCCUUCCGUAUUCACGCCAGUAUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCCGGUAGCUGAAU- UCUC- C-| UU CGUGGAG GGA GCGUGGCAGGGAUUC GCU UGGUGA \ CCU UGUACUGUCCCUAAG CGG GCCACU A GUUAUGACCGCACUUAUG UCCGU AA^ -- UCUAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asu-Mir-36-o30_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGGAUUCCGCUUUUGGUGACG -23
Get sequence
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Mature sequence | Asu-Mir-36-o30_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCACCGGGCAAGAAUCCCUGUC -58
Get sequence
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