MirGeneDB ID | Bpl-Mir-36-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bpl-Mir-36-P17 Bpl-Mir-36-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-36 Bge-Mir-36 Bko-Mir-36-P16a Bko-Mir-36-P16b Cbr-Mir-36-o16 Cte-Mir-36 Dgr-Mir-36 Dlo-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Eba-Mir-36 Gsp-Mir-36 Isc-Mir-36 Lhy-Mir-36 Llo-Mir-36 Mgi-Mir-36 Mom-Mir-36 Npo-Mir-36 Ofu-Mir-36 Pau-Mir-36 Pcr-Mir-36 Pdu-Mir-36 Pve-Mir-36 Rph-Mir-36 Snu-Mir-36 Tca-Mir-36 War-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Brachionus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000180.1: 141578-141633 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAAUGAAUGAAUAGGCGCAUUGAUUAGUGUCGAGUGAUGACCCAGGUUAUGACGAGAUAUCAUCACCGGGUCUACACUUGCCACUAAUCUCGCUUUCAAUAGCAUCCAACGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAAAUGAAUGAAUAGGC---| AUU U AU A U ACGA GC GAUUAGUG CGAGUG GACCC GGU AUG \ CG CUAAUCAC GUUCAC CUGGG CCA UAC G GACGCAACCUACGAUAACUUU^ CU- C AU - C UAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bpl-Mir-36-P16_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCGAGUGAUGACCCAGGUUAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bpl-Mir-36-P16_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UCACCGGGUCUACACUUGCCAC -56
Get sequence
|