MirGeneDB ID | Dre-Mir-96-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-96-P1a Dre-Mir-96-P3a-v1 Dre-Mir-96-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Bge-Mir-96-P2 Bta-Mir-96-P2 Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dma-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2 Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Gmo-Mir-96-P2a Hme-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Loc-Mir-96-P2 Mal-Mir-96-P2a Mdo-Mir-96-P2 Mml-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mun-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pmi-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Tni-Mir-96-P2a Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr4: 15075668-15075732 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P2a) |
Mir-96-P3a-v1
chr4: 15074581-15074642 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P3a-v2 chr4: 15074582-15074641 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P1a chr4: 15074738-15074801 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P2a chr4: 15075668-15075732 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUCAAGGACAAAAGGUUCUCUGAUGGUAUUUGGCAAUGGUAGAACUCACACUGGUGAGGUAGUCAGAUCCGGUGGUUCUAGACUUGCCAACUACUACCUGAGAACAACUCCACUGUAAGGCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUCAAGGACAAAAGG--| UGA U UGG U ACUGGUGAGG UUCUC UGGUA UUGGCAA UAGAAC CAC U AAGAG AUCAU AACCGUU AUCUUG GUG A UACGGAAUGUCACCUCAAC^ UCC C CAG - GCCUAGACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-96-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCAAUGGUAGAACUCACACU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-182 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-96-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGGUUCUAGACUUGCCAACUA -65
Get sequence
|