MirGeneDB ID | Ebu-Mir-10-P1f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-10-P1e Ebu-Mir-10-P2e Ebu-Mir-10-P2f Ebu-Mir-10-P3e Ebu-Mir-10-P3f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aae-Mir-10-P1-v2 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bfl-Mir-10-P1-v2 Bge-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v2 Bla-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v2 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cgi-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v2 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dpu-Mir-10-P1-v2 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hme-Mir-10-P1-v2 Isc-Mir-10-P1-v1 Isc-Mir-10-P1-v2 Lgi-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tca-Mir-10-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010694.1: 2257345-2257403 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAUUCUGCACGGUACUGUUUUAGCCCAUGUACCCUGUAGGUACGACCUUGUGUCUAAAACUUCUGCAAGGUUGUAUAUACAGAGUACGUGUUGCUAUGACACAUGUCAACAAGAAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAUUCUGCACGGUACU- U C-| C G GUCUAA GUU UAGC CAUGUAC CUGUA GUACGACCUUGU \ CAG AUCG GUGCAUG GACAU UAUGUUGGAACG A ACAAAGAACAACUGUACA U UU^ A A UCUUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ebu-Mir-10-P1f_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCUGUAGGUACGACCUUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ebu-Mir-10-P1f_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAAGGUUGUAUAUACAGAGUACG -59
Get sequence
|