MirGeneDB ID | Eca-Mir-483-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-483 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-483-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-483-v2 Cfa-Mir-483 Cja-Mir-483 Cpo-Mir-483 Dno-Mir-483 Ete-Mir-483 Hsa-Mir-483 Mml-Mir-483 Mmr-Mir-483 Mmu-Mir-483 Neu-Mir-483 Ocu-Mir-483 Pab-Mir-483 Rno-Mir-483 Sha-Mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009159.1: 34440828-34440889 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-483-v2) |
Mir-483-v1
CM009159.1: 34440828-34440889 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-483-v2 CM009159.1: 34440828-34440889 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUUGGAGCCUGUGGUGGGGGAGCGGGGGAGGACGGGAGGGGAGGAGGGCGUGGUUUUAUGCAGCUCCUCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCUUCUUCUUCCUCCCAUUCCUGCCUGUCUCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUUGGAGCCUGUGGU-- C -| CGUGGUUUU GGGGGAG GGGGGAGGACGGGAGGGGAGGAG GG \ CUCCUUC UCUUCUUCUGCCCUCCUCUCCUC CU A GGCUCUGUCCGUCCUUACC U A^ CCUCGACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-483-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACGGGAGGGGAGGAGGGCGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-483-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCU -62
Get sequence
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