MirGeneDB ID | Eca-Mir-483-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-483 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-483-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-483-v1 Cfa-Mir-483 Cja-Mir-483 Cpo-Mir-483 Dno-Mir-483 Ete-Mir-483 Hsa-Mir-483 Mml-Mir-483 Mmr-Mir-483 Mmu-Mir-483 Neu-Mir-483 Ocu-Mir-483 Pab-Mir-483 Rno-Mir-483 Sha-Mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009159.1: 34440828-34440889 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-483-v1) |
Mir-483-v1
CM009159.1: 34440828-34440889 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-483-v2 CM009159.1: 34440828-34440889 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUUGGAGCCUGUGGUGGGGGAGCGGGGGAGGACGGGAGGGGAGGAGGGCGUGGUUUUAUGCAGCUCCUCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCUUCUUCUUCCUCCCAUUCCUGCCUGUCUCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUUGGAGCCUGUGGU-- C -| CGUGGUUUU GGGGGAG GGGGGAGGACGGGAGGGGAGGAG GG \ CUCCUUC UCUUCUUCUGCCCUCCUCUCCUC CU A GGCUCUGUCCGUCCUUACC U A^ CCUCGACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-483-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGACGGGAGGGGAGGAGGGCG -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-483-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0034670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CACUCCUCUCCUCCCGUCUUCU -62
Get sequence
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