| MirGeneDB ID | Egr-Mir-2160-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2160 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hydatid worm (Echinococcus granulosus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | egr-mir-10227a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Egr-Mir-2160-P2a Egr-Mir-2160-P2b Egr-Mir-2160-P3 Egr-Mir-2160-P5 Egr-Mir-2160-P6 Egr-Mir-2160-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsa-Mir-2160 Pcr-Mir-2160 Sma-Mir-2160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. granulosus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platyhelminthes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000524195.1_ASM52419v1_Egranulosus) |
APAU02000041.1: 52255-52311 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2160-P4) |
Mir-2160-P6
APAU02000041.1: 46144-46200 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2160-P3 APAU02000041.1: 46431-46487 [+] UCSC Ensembl Mir-2160-P5 APAU02000041.1: 46714-46770 [+] UCSC Ensembl Mir-2160-P4 APAU02000041.1: 52255-52311 [+] UCSC Ensembl Mir-2160-P2b APAU02000041.1: 53714-53776 [-] UCSC Ensembl Mir-2160-P2a APAU02000041.1: 53907-53961 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGGUGAUUCCGUUUUUAUGUAGGAGGAUGUGGCGCUUUCUAACUUUACUGAUAGUGAUUUAUCAGUAAAGUCAUAAAUGCACCUCAUUCCCUUACGUGAGACAACCAGAUUCUACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAGGUGAUUCCGUUUUU-- A U C -| CUA UAGU AUGUAGG GGAUG GG GC UUU ACUUUACUGA G UGCAUUC CUUAC CC CG AAA UGAAAUGACU A CCAUCUUAGACCAACAGAG C U A U^ UAC AUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Egr-Mir-2160-P4_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0041179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCGCUUUCUAACUUUACUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Egr-Mir-2160-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0041180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AGUAAAGUCAUAAAUGCACCUCA -57
Get sequence
|
