MirGeneDB ID | Gmo-Mir-203-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-203a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-203-P1-v2 Gmo-Mir-203-P2-v1 Gmo-Mir-203-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dre-Mir-203-P1-v1 Dre-Mir-203-P1-v2 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P1-v1 Mal-Mir-203-P1-v2 Pma-Mir-203-o1 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2769: 7537-7595 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P1-v1) |
Mir-203-P1-v2
GeneScaffold_2769: 7536-7596 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P1-v1 GeneScaffold_2769: 7537-7595 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCCGGAACUGAAACGCUCUCUUUGGUCUAGUGGUUCUCAAUAGUUCAACAGUCUUUCUUGAUUUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCACUGAGCAGGAGAUCUCUGCCACACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCCCGGAACUGAAACG- -| UU U C G A GUCUUU CU CUC UGGUC AGUGGUUCU AAUA UUCA CA C GA GAG ACCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU U CCCACACCGUCUCUAGAG C^ UC U U A - UUUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-203-P1-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0044205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUCAAUAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-203-P1-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -59
Get sequence
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