MirGeneDB ID | Laf-Mir-1277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1277 Cfa-Mir-1277 Cpo-Mir-1277 Dno-Mir-1277 Eca-Mir-1277 Hsa-Mir-1277 Mml-Mir-1277 Mmr-Mir-1277 Ocu-Mir-1277 Pab-Mir-1277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010059.1: 12577420-12577477 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUGCAGUAUCCAUUUAUAACCUUCCAAAUAUAUAUAUAUAUGUACGUAUGUGUAUAUGAAUGUAUACGUAGAUAUAUAUGUAUUUUUGGUGGGUUUAAUUUUUUUCACCUACGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAUGCAGUAUCCAUUUAU--| U U G UGUAU AACCU CCAAA AUAUAUAUAUAU UACGUAUG A UUGGG GGUUU UAUGUAUAUAUA AUGCAUAU U CAGGCAUCCACUUUUUUUAAU^ U U G GUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-1277_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUAUAUAUAUAUGUACGUAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-1277_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UACGUAGAUAUAUAUGUAUUUU -58
Get sequence
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