MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1984 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCCCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-1984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Esc-Mir-1984 Hru-Mir-1984-P1 Lhy-Mir-1984 Mgi-Mir-1984-P1 Npo-Mir-1984 Pve-Mir-1984-P1 Rph-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gastropoda + Bivalvia + Scaphopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Conchifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_4: 4879135-4879195 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1984-P1) |
Mir-1984-P1
LOTGIsca_4: 4879135-4879195 [+]
Ensembl
Mir-1984-P2 LOTGIsca_4: 4881330-4881387 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGUAAUUGAAACUUAUGCCUACGAUGCCUUGCCCUAUCCGUCAGGAACUGUGAUAUAGUUAAUAGACACAGUGCCUAUCGGUAGGGAACAGUAUCGCAGAGCUCGUCAGCUGAGUCAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUAAUUGAAACUUAU- -| A CUUG U UC A AUAUAG GC CU CGAUGC CCCUA CCG AGG ACUGUG U CG GA GCUAUG GGGAU GGC UCC UGACAC U AGGACUGAGUCGACUGCU A^ C ACAA - UA G AGAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lgi-Mir-1984-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCCUAUCCGUCAGGAACUGUG -23
Get sequence
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Star sequence | Lgi-Mir-1984-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAGUGCCUAUCGGUAGGGAACA -61
Get sequence
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