| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7371-P28a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCGGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7386f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7371-P1 Mdo-Mir-7371-P2a Mdo-Mir-7371-P2b Mdo-Mir-7371-P3 Mdo-Mir-7371-P4 Mdo-Mir-7371-P5 Mdo-Mir-7371-P6 Mdo-Mir-7371-P7 Mdo-Mir-7371-P8-v1 Mdo-Mir-7371-P8-v2 Mdo-Mir-7371-P9 Mdo-Mir-7371-P10 Mdo-Mir-7371-P11a Mdo-Mir-7371-P11b Mdo-Mir-7371-P11c Mdo-Mir-7371-P12 Mdo-Mir-7371-P13 Mdo-Mir-7371-P14 Mdo-Mir-7371-P15 Mdo-Mir-7371-P16 Mdo-Mir-7371-P17 Mdo-Mir-7371-P18 Mdo-Mir-7371-P19-v1 Mdo-Mir-7371-P19-v2 Mdo-Mir-7371-P20 Mdo-Mir-7371-P21 Mdo-Mir-7371-P22 Mdo-Mir-7371-P23 Mdo-Mir-7371-P24 Mdo-Mir-7371-P25 Mdo-Mir-7371-P26 Mdo-Mir-7371-P27 Mdo-Mir-7371-P28b Mdo-Mir-7371-P30 Mdo-Mir-7371-P31 Mdo-Mir-7371-P32 Mdo-Mir-7371-P33 Mdo-Mir-7371-P34 Mdo-Mir-7371-P35 Mdo-Mir-7371-P36 Mdo-Mir-7371-P37 Mdo-Mir-7371-P38 Mdo-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-7371-P28a Sha-Mir-7371-o28 Sha-Mir-7371-P28a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 40491868-40491926 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-P28a) |
Mir-7371-P10
X: 40471896-40471952 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-P11a X: 40472059-40472118 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P11b X: 40472371-40472430 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P11c X: 40472534-40472593 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P12 X: 40472741-40472796 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P13 X: 40473856-40473914 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P14 X: 40474430-40474488 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P15 X: 40476157-40476213 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P16 X: 40478031-40478092 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P17 X: 40478197-40478256 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P18 X: 40479473-40479530 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P19-v2 X: 40481294-40481353 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P19-v1 X: 40481295-40481352 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P20 X: 40481839-40481897 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P21 X: 40482902-40482958 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P22 X: 40484389-40484445 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P23 X: 40485434-40485493 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P24 X: 40485588-40485645 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P25 X: 40486320-40486378 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P26 X: 40488023-40488080 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P27 X: 40489393-40489449 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28a X: 40491868-40491926 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P28b X: 40492022-40492080 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P30 X: 40497148-40497205 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P31 X: 40500913-40500970 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P32 X: 40502424-40502481 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P34 X: 40504971-40505028 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P36 X: 40506274-40506332 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P37 X: 40514662-40514726 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P38 X: 40516163-40516222 [+] UCSC Ensembl Mir-7371-P39 X: 40522765-40522822 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCUUGCCACUGUUUGUUCCAUCAGGCUCACUCGGAUGAGGCACUCUAUUUUGUGCAUCCCUCCAAAAUAAAUGCCUCAUCCUUGGGAGGCUGUUGAGAAAGAAAACCAGCCAAACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCUUGCCACUGUUUG- -| U G ACUC CUC GUGCA UUC CA CAG CUC GGAUGAGGCA UAUUUU U AAG GU GUC GAG CCUACUCCGU AUAAAA C ACCAAACCGACCAAAAGA A^ U G GGUU AA- CCUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-7371-P28a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCGGAUGAGGCACUCUAUUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7386f-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-7371-P28a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0028857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAAAUGCCUCAUCCUUGGGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7386f-3p |
