MirGeneDB ID | Mmu-Mir-430-P5a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCAAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-290a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P2 Mmu-Mir-430-P3 Mmu-Mir-430-P4 Mmu-Mir-430-P5b Mmu-Mir-430-P5c Mmu-Mir-430-P6 Mmu-Mir-430-P7a Mmu-Mir-430-P7b Mmu-Mir-430-P7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-430-P5 Cja-Mir-430-P5 Cpo-Mir-430-P5 Dno-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P5 Ete-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P5 Mml-Mir-430-P5 Ocu-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P5 Rno-Mir-430-P5a Xtr-Mir-430-o5a1 Xtr-Mir-430-o5a2 Xtr-Mir-430-o5a3 Xtr-Mir-430-o5a4 Xtr-Mir-430-o5a5 Xtr-Mir-430-o5a6 Xtr-Mir-430-o5a7 Xtr-Mir-430-o5a8 Xtr-Mir-430-o5a9 Xtr-Mir-430-o5a10 Xtr-Mir-430-o5a11 Xtr-Mir-430-o5a12 Xtr-Mir-430-o5a13 Xtr-Mir-430-o5a14 Xtr-Mir-430-o5a15 Xtr-Mir-430-o5a16 Xtr-Mir-430-o5a17 Xtr-Mir-430-o5a18 Xtr-Mir-430-o5a19 Xtr-Mir-430-o5a20 Xtr-Mir-430-o5a21 Xtr-Mir-430-o5a22 Xtr-Mir-430-o5a23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr7: 3218639-3218697 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P5a) |
Mir-430-P5a
chr7: 3218639-3218697 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P7a chr7: 3218932-3218989 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P5b chr7: 3219200-3219261 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P7b chr7: 3219494-3219550 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P5c chr7: 3220356-3220411 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P7c chr7: 3220655-3220712 [+] UCSC Ensembl Mir-430-P6 chr7: 3220779-3220837 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAACGUCUGGACCGCCUCAUCUUGCGGUACUCAAACUAUGGGGGCACUUUUUUUUUUCUUUAAAAAGUGCCGCCUAGUUUUAAGCCCCGCCGGUUGAGAAAACGGCUAUCUGGCACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAACGUCUGGACCGC-- U U UA C-| U G UUUU CUCA CU GCGG CU AAACUA GG GGCACUUUUU \ GAGU GG CGCC GA UUUGAU CC CCGUGAAAAA U ACACGGUCUAUCGGCAAAA U C CC AU^ - G UUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-430-P5a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCAAACUAUGGGGGCACUUUUU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000366 TargetScanVert: mmu-miR-290a-5p miRDB: MIMAT0000366 |
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Star sequence | Mmu-Mir-430-P5a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAAGUGCCGCCUAGUUUUAAGCCC -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004572 TargetScanVert: mmu-miR-290a-3p miRDB: MIMAT0004572 |