MirGeneDB ID | Mmu-Mir-506-P11b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-465b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-506-P2b Mmu-Mir-506-P4 Mmu-Mir-506-P11a Mmu-Mir-506-P11b2 Mmu-Mir-506-P11c1 Mmu-Mir-506-P11c2 Mmu-Mir-506-P11d Mmu-Mir-506-P12 Mmu-Mir-506-P13 Mmu-Mir-506-P14 Mmu-Mir-506-P15 Mmu-Mir-506-P16 Mmu-Mir-506-P17 Mmu-Mir-506-P18 Mmu-Mir-506-P19 Mmu-Mir-506-P20 Mmu-Mir-506-P21 Mmu-Mir-506-P22 Mmu-Mir-506-P23 Mmu-Mir-506-P24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 66835774-66835832 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P11b1) |
Mir-506-P20
chrX: 66789899-66789957 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P19 chrX: 66792598-66792655 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P18 chrX: 66796809-66796869 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P17 chrX: 66799235-66799294 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P16 chrX: 66800540-66800597 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15 chrX: 66801518-66801575 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P14 chrX: 66801954-66802011 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P13 chrX: 66810438-66810494 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P12 chrX: 66813961-66814017 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11d chrX: 66822655-66822713 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11c2 chrX: 66825965-66826025 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11b2 chrX: 66829212-66829270 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11c1 chrX: 66832527-66832587 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11b1 chrX: 66835774-66835832 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P11a chrX: 66839063-66839121 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCUCCUUAAAGGCUUUGUAUGCAAUGCCCUAUUUAGAAUGGUGCUGAUCUGAUGAAAUAAAAAAUUGAUCAGGGCCUUUCUAAGUAGAGUAAGGCUUACCAACUAUACAUUUAAUAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCUCCUUAAAGGCUUU--| U AA C U G UGAUGAAA GUA GC UGC CUAUUUAGAA GGU CUGAUC \ CAU CG AUG GAUGAAUCUU CCG GACUAG U GUAUAAUUUACAUAUCAAC^ U GA A U G UUAAAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-506-P11b1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUUUAGAAUGGUGCUGAUCUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004871 TargetScanVert: mmu-miR-465b-5p miRDB: MIMAT0004871 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-506-P11b1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAUCAGGGCCUUUCUAAGUAGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004872 TargetScanVert: mmu-miR-465b-3p miRDB: MIMAT0004872 |