| MirGeneDB ID | Pma-Mir-205-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-205b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-205-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-205-P2 Ami-Mir-205-P2 Cli-Mir-205-P2 Cmi-Mir-205-P2 Cpi-Mir-205-P2 Gga-Mir-205-P2 Gja-Mir-205-P2 Pbv-Mir-205-P2 Spt-Mir-205-P2 Sto-Mir-205-P2 Tgu-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046116.1: 8977433-8977496 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCCGAGAGAUAUCCGGUGAGCUCUGUUGCCCUUCAUUCCACCGGAGUCUGUUAACGCAAGGGCCACGCCAGAUUCCGGUCGGAUGAAGUCCACCAGGCACCGGGCACGCUGCGGGGAGUGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCCGAGAGAUAUCCGGUGA---| U U CC C UUAACGCA GC CUG UG CUUCAUUC ACCGGAGUCUG A CG GAC AC GAAGUAGG UGGCCUUAGAC G CUGUGAGGGGCGUCGCACGGGCCA^ - C CU C CGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-205-o2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCUUCAUUCCACCGGAGUCUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-205-o2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGAUUCCGGUCGGAUGAAGUCCA -64
Get sequence
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