| MirGeneDB ID | Pmi-Mir-92-o25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pmi-mir-92c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pmi-Mir-92-o21 Pmi-Mir-92-o22 Pmi-Mir-92-o23 Pmi-Mir-92-o24 Pmi-Mir-92-o26 Pmi-Mir-92-o27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Ava-Mir-92-P25 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. miniata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pmin1) |
JH772232.1: 9421-9483 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o25) |
Mir-92-o25
JH772232.1: 9421-9483 [-]
Mir-92-o24 JH772232.1: 11031-11096 [-] Mir-92-o23 JH772232.1: 11838-11900 [-] Mir-92-o22 JH772232.1: 12795-12854 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGACGUCAGAAAUCUCAGGUGAUGGCGCACCGGCGGGGACAUUUUCAAUCCUGUCCAAGACUUUUCAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCAGCGCGACACUAAGCACUUACAUCAAGUCUACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUGACGUCAGAAAUCUCA---| AUG ACC G UUUU C GUCCAAG GGUG GCGC GGC GGGACA CAAU CU \ UCAC CGCG CCG CCCUGU GUUA GA A GCAUCUGAACUACAUUCACGAA^ AG- A-- G UCAC U ACUUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pmi-Mir-92-o25_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGGCGGGGACAUUUUCAAUCCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Pmi-Mir-92-o25_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0032153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUUGCACUUGUCCCGGCCAGC -63
Get sequence
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