| MirGeneDB ID | Spu-Mir-10-P2n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Spu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P2m Spu-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P2 Agr-Mir-10-P2 Asp-Mir-10 Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bko-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dgr-Mir-10-P2 Dlo-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Eba-Mir-10-P2 Gpa-Mir-10-P2 Gsp-Mir-10-P2 Hru-Mir-10-P2 Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lgi-Mir-10-P2 Lhy-Mir-10-P2 Llo-Mir-10-P2 Mgi-Mir-10-P2 Mom-Mir-10-P2 Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Obi-Mir-10-P2 Ofu-Mir-10-P2 Ovu-Mir-10-P2 Pau-Mir-10-P2 Pca-Mir-10-P2 Pdu-Mir-10-P2 Pfl-Mir-10-P2 Ple-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Pve-Mir-10-P2 Rph-Mir-10-P2 Sko-Mir-10-P2 Snu-Mir-10-P2 Tca-Mir-10-P2 Tur-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000001.1: 27027636-27027697 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2n) |
Mir-10-P2m
AAGJ06000001.1: 27024190-27024252 [+]
Ensembl
Let-7 AAGJ06000001.1: 27043769-27043836 [+] Ensembl Mir-10-P3 AAGJ06000001.1: 27044734-27044796 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUGGUUUUCUGUUUUGUGACCUCGACUUGACCCGUAAGGUCUAAACCUGUGUCAAAGUUCAAAGGCCACAGGUUUUCAUCUUGGGGUACAAGUCUGGUGUCGCGUUUAUCUGCACUGCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUGGUUUUCUGUUUUGU - C -| G CU GUCAAAGU GAC CU GACUUG ACCC UAAGGU AAACCUGU \ CUG GG CUGAAC UGGG GUUCUA UUUGGACA U UACGUCACGUCUAUUUGCG U U A^ - CU CCGGAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Spu-Mir-10-P2n_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCGUAAGGUCUAAACCUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Spu-Mir-10-P2n_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGGUUUUCAUCUUGGGGUACA -62
Get sequence
|
